{"id":920,"date":"2019-02-23T23:38:44","date_gmt":"2019-02-23T23:38:44","guid":{"rendered":"http:\/\/www.oceanblogs.org\/capeverde\/?p=920"},"modified":"2019-03-05T08:14:42","modified_gmt":"2019-03-05T08:14:42","slug":"pos532-tracing-illusive-deep-sea-squid-using-edna","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.oceanblogs.org\/capeverde\/2019\/02\/23\/pos532-tracing-illusive-deep-sea-squid-using-edna\/","title":{"rendered":"POS532: Tracing elusive deep-sea squid using environmental DNA"},"content":{"rendered":"\n

[deutsche Version unten] <\/p>\n\n\n\n

by Stella Scheer and Veronique Merten <\/p>\n\n\n\n

The PhD students Stella Scheer and Veronique Merten of the Deep-Sea Biology Working Group at GEOMAR are reporting here about a method to trace marine animals without observing the animals<\/em><\/p>\n\n\n\n

During our cruise we sampled five different locations for environmental DNA (eDNA), including in- and offshore stations as well as two eddies. eDNA can be defined as genetic material that is obtained directly from the environment, e.g. seawater, without the necessity of isolating the target organism itself. Organisms release DNA into the environment in various ways, for example through faeces or shedding skin cells, leaving behind a trace of the organism. This trace reflects the current or past presence of a species in the area and allows us to examine biodiversity as well as distribution patterns. <\/p>\n\n\n\n

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Pelagic squid (cephalopod). Filtered seawater can contain its DNA which is used to prove its presence and distribution within the water column without sighting the animal. Squids shed ink and skin cells that contain DNA. Kleiner pelagischer Kalmar (Tintenfisch), dessen Vorkommen und Verbreitung sich ohne Sichtung nur mit seiner aus dem Meerwasser gefilterter DNA (eDNA) nachweisen l\u00e4\u00dft. Er st\u00f6\u00dft Tinte und Hautzellen ins Meerwasser ab, beides enth\u00e4lt seine DNA. Foto JAGO-Team \/ GEOMAR <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

The aim of the Deep-Sea Biology Working Group of GEOMAR for POS532 and last year\u2019s cruise POS520 is to assess the species diversity and distribution of deep-sea squid in Cape Verdean waters. Our specific interest in squids is based on their importance for oceanic food webs as well as the fact that they are difficult to sample with nets. These samples are also meant to expand the spatial and temporal coverage of already existing data which was collected one year ago. Seawater was collected via CTD and was then filtered to concentrate the DNA. We focused mainly on sampling the bathypelagic zone with depths from 1000 m up to 2500 m, one station even going down to 3000 m. At the inshore stations we additionally sampled mesopelagic depths from 100 to 900 m and at the eddy stations we sampled inside the eddy at 200 and 400 m as well as underneath it with 600 and 1000 m. We were able to collect 165 samples in total and these will now be taken back to GEOMAR for further analyses and provide exciting new insights on deep-sea squid. <\/p>\n\n\n\n

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The filtering set up that we used during POS532. eDNA in the water from the Niskin bottle is concentrated in the filter in between the hoses. Das verwendete Filtersystem auf der POS532. Das Wasser aus den Niskin Flaschen wird gefiltert um es auf eDNA zu \u00fcberpr\u00fcfen.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

[deutsch]<\/p>\n\n\n\n

Aufsp\u00fcren von Tiefseekalamaren mit Hilfe von eDNA<\/p>\n\n\n\n

Die Doktoranden Stella Scheer und Veronique Merten von der Arbeitsgruppe Tiefseebiologie des GEOMAR berichten hier \u00fcber eine Methode, Meerestiere ohne Beobachtung der Tiere zu verfolgen.<\/em><\/p>\n\n\n\n

W\u00e4hrend unserer Ausfahrt haben wir die environmental DNA (eDNA) an f\u00fcnf verschiedene Standorten untersucht, darunter In- und Offshore-Stationen sowie zwei ozeanische Wirbel. eDNA kann als genetisches Material definiert werden, das direkt aus der Umwelt gewonnen wird, z.B. Meerwasser, ohne den Zielorganismus selbst isolieren zu m\u00fcssen. Organismen geben die DNA auf verschiedene Weise an die Umwelt ab, z.B. durch F\u00e4kalien oder abgel\u00f6sten Hautzellen, wodurch immer eine Spur des Organismus im Wasser zur\u00fcckbliebt. Diese Spur spiegelt das gegenw\u00e4rtige oder vergangene Vorkommen einer Art in der Region wider und erm\u00f6glicht es uns, die Biodiversit\u00e4t sowie die Verteilungsmuster zu untersuchen ohne die Organismen selbst daf\u00fcr zu ben\u00f6tigen. <\/p>\n\n\n\n

Ziel der Tiefseebiologie-Arbeitsgruppe des GEOMAR w\u00e4hrend der Ausfahrt POS532 ist es, wie schon w\u00e4hrend der Ausfahrt POS520 im Fr\u00fchjar 2018, die Artenvielfalt und Verbreitung von Tiefsee-Tintenfischen in kapverdischen Gew\u00e4ssern zu untersuchen. Unser besonderes Interesse an Tintenfischen beruht auf ihrer Bedeutung f\u00fcr ozeanische Nahrungsnetze sowie auf der Tatsache, dass Probenentnahmen mit Netzen sehr schwierig durchzuf\u00fchren sind. Die gesammelten Proben sollen auch die r\u00e4umliche und zeitliche Abdeckung bereits vorhandener Daten, die im Vorjahr erhoben wurden, erweitern. Seewasser wurde \u00fcber ein CTD-System gesammelt und anschlie\u00dfend gefiltert, um die DNA zu extrahieren. <\/p>\n\n\n\n

Wir konzentrierten uns haupts\u00e4chlich auf die Probenahme in der bathypelagischen Zone mit Tiefen von 1000 m bis 2500 m. Eine Station erreichte sogar Tiefen von 3000m. An den K\u00fcstenstationen nahmen wir zus\u00e4tzlich Proben in mesopelagische Tiefen von 100 bis 900 m und an den Wirbelstationen im Inneren des Wirbels auf 200 und 400 m, sowie darunter auf 600 und 1000 m. Insgesamt konnten wir 165 Proben sammeln, die nun f\u00fcr weitere Analysen zum GEOMAR zur\u00fcckgebracht werden und spannende neue Erkenntnisse \u00fcber Tiefseetintenfische liefern.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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